企业合并，是指一家或多家企业(被合并企业)将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业(合并企业)，被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。合并分为吸收合并、新设合并和控股合并，被合并企业主体资格注销的为吸收合并，合并各方主体资格均注销而成立新的企业主体的为新设合并，被合并企业主体资格续存的为控股合并。本文就企业合并过程中相关涉税问题分析如下：
一、增值税方面。企业吸收合并，被合并方原有的资产发生转移，被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付。与一般销售货物、不动产、无形资产有着本质的区别：企业吸收合并是将企业资产、债权、债务和劳动力一并转让。根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)的规定，在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，其中涉及的不动产、土地使用权转让行为不征收增值税项目。也就是说，尽管货物、房产与土地所有权发生了转移，但在增值税上不认为是一种销售行为，不属于增值税的征税范围。
另外，企业合并时，如果被合并企业存在增值税留抵的，根据《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第55号）的规定，增值税一般纳税人（以下称原纳税人）在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人（以下称新纳税人），并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。原纳税人主管税务机关应认真核查纳税人资产重组相关资料，核实原纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》（一式三份），原纳税人主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递新纳税人主管税务机关一份。新纳税人主管税务机关应将原纳税人主管税务机关传递来的《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对原纳税人尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许新纳税人继续申报抵扣。
需要注意的是：原纳税人留抵税额结转抵扣的前提必须是全部资产、负债和劳动力一并转让，必须按程序办理注销税务登记，只有在申请办理注销税务登记时，才能在注销前将尚未抵扣的进项税额结转至新纳税人处继续抵扣。
二、土地增值税方面。土地增值税是指对土地使用权转让及出售建筑物时所产生的价格增值量征收的税种。企业吸收合并，相应被合并方不动产以及土地使用权应当过户到合并方。《财政部、国家税务总局关于企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税〔2015〕5号）规定：按照法律规定或者合同约定，两个或两个以上企业合并为一个企业，且原企业投资主体存续的，对原企业将国有土地、房屋权属转移、变更到合并后的企业，暂不征土地增值税，但不适用于房地产开发企业。现行政策执行期限为2015年1月1日至2017年12月31日。由此可见，对2015年1月1日以前两个或两个以上企业合并为一个企业，不论被合并企业是否为房地产企业，不论原企业投资主体是否存续（被合并企业股东到合并企业继续做股东），对被合并企业将房地产转让到合并企业，均暂免征收土地增值税。但从2015年1月1日起至2017年12月31日期间，企业合并，被合并企业为房地产企业的，对被合并企业将房地产转让到合并企业，应当在合并环节征收土地增值税。或被合并企业虽然不是房地产企业，但被合并企业投资主体不再存续的（被合并企业股东不到合并企业继续做股东），对被合并企业将房地产转让到合并企业，仍然应当依法缴纳土地增值税。
三、企业所得税方面。吸收合并对于合并方来说，主要是一种支付行为，所以一般不涉及税收问题(非货币性资产支付一般需要视同销售);对于被合并方来说，企业被合并注销后，企业资产被兼并转移，相应涉及企业所得税的处理。被合并企业的企业所得税处理分一般性税务处理和特殊性税务处理两种处理方法。根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）的规定，一般性税务处理：(1)合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。(2)被合并企业应按清算进行所得税处理（《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕 60 号) 第二条第二款:“企业重组中需要按清算处理的企业，应进行清算的所得税处理”、 第四条:“企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得”）。(3)被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。被合并企业符合特殊性税务处理条件的，可以选择对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失：(1)合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定；(2)被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继；(3)可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。可由合并企业弥补的被合并企业的亏损应不超过法定弥补期限。可由合并企业弥补的被合并企业的亏损的限额应按年计算。计算公式中的“被合并企业净资产公允价值”包括商誉。适用特殊性税务处理的条件为：(1)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。(2)被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。(3)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。(4)重组交易对价中涉及股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。(5)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
举例：甲企业合并乙企业，乙企业被合并时账面净资产为5000万元，评估公允价值为6000万元。乙企业股东收到合并后企业股权5500万元，其他非股权支付500万元，则股权支付额占交易支付总额比例为92%(5500÷6000×100%)，超过85%，双方可以选择特殊性税务处理，即资产增值部分1000万元不缴纳企业所得税。同时，甲乙双方的股份置换也不确认转让所得或损失。假设此比例不超过85%，则资产增值部分1000万元要缴纳企业所得税250万元，股份支付也要确认所得或损失。
另外，被合并方股东的企业所得税也同样区分一般性税务处理和特殊性税务处理。一般性税务处理：（1）控股合并：在控股合并中，应当确认股权转让所得或损失，出售股权所得价款与投资成本之间的差额全额确认为股权转让所得，而不是区分为股息所得和投资转让所得，应当全额并入当期的应纳税所得额；（2）吸收合并或新设合并、被合并方的股东需要进行所得税清算。被清算企业股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。特殊性税务处理：（1）控股合并：被合并方股东取得合并方股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。即被合并方的股东无需确认股权转让所得或损失，无需交纳所得税。被合并方股东应确认股权转让所得或损失，但应根据企业合并不同方式确定是否需要进行所得税清算处理；（2）吸收合并或新设合并：合并各方在选用特殊性税务处理规定的情况下，被合并方的股东取得合并方股权的计税基础，以其原持有的被合并方股权的计税基础确定。即被合并方的股东无需确认股权转让所得或损失，无需交纳所得税。被合并方股东既不需要确认股权转让所得或损失，也不需要进行所得税清算处理。
四、个人所得税方面。被合并企业的股东是自然人股东，其原股权换成合并企业股权后有溢价的的情况下是否要缴纳个人所得税呢？《中华人民共和国个人所得税法》第二条规定“下列各项个人所得，应纳个人所得税：……九、财产转让所得；……”。企业合并过程前后，原股东的财产即拥有的公司股权（也即股东对公司的投资额）均未发生变化，其财产未有减少，因此不存在转让一说。同时《个人所得税法》第六条规定“应纳税所得额的计算：……五、财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。……”。在企业合并过程中，原股东未取得任何收入，仅仅是其所持股公司账面的所有者权益有所增加。按照现行法律法规，有限责任公司及股份有限公司股东所持股的公司账面所有者权益增加并不代表相关股东产生了纳税义务。例如：公司经营中实现盈利积累的未分配利润，也带来公司净资产的增加，从而导致公司账面所有者权益的增加，但在公司实际将利润分配给股东之前，公司权益增加的事实也自然不会被认定为公司股东发生税法意义上的“所得”经济事项，股东自然也不会产生相应的纳税义务。根据《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知(国税发〔1997〕198号)》、《国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》(国税函〔1998〕289号)的规定，股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得缴纳个人所得税。而与此不相符合的其他资本公积金、盈余公积、未分配利润等，在向个人股东转增股本时，应按照“利息、股息、红利所得”项目，适用20%税率征收个人所得税。因此，企业合并过程中“资本溢价”没有发生分配行为，不需征收个人所得税；如果对“资本溢价”做了转增股本处理，需要征收个人所得税。
五、印花税方面。印花税是指以经济活动中签立的各种合同、产权转移书据、营业帐簿、权利许可证照等应税凭证文件为对象所征的税。根据《财政部、国家税务总局关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》（财税〔2003〕183号）的规定，经县级以上人民政府及企业主管部门批准改制的企业，以合并或分立方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花；因改制签订的产权转移书据免予贴花。
六、契税方面。契税是以所有权发生转移变动的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一种财产税。应缴税范围包括:土地使用权出售、赠与和交换，房屋买卖，房屋赠与，房屋交换等。但企业资产重组的，根据《财政部、国家税务总局关于进一步支持企业事业单位改制重组有关契税政策的通知》（财税〔2015〕37号）的规定，自2015年1月1日起至2017年12月31日，两个或两个以上的公司，依照法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续的，对合并后公司承受原合并各方土地、房屋权属，免征契税。所称投资主体存续，是指原企业、事业单位的出资人必须存在于改制重组后的企业，出资人的出资比例可以发生变动；投资主体相同，是指公司分立前后出资人不发生变动，出资人的出资比例可以发生变动。企业吸收合并后，如果原有股东退出，则不符合契税免税条件，应当缴纳契税。